Zgodnie z wymogami UNESCO-MAB rezerwat biosfery podzielono na trzy strefy:

• rdzenną obejmującą Park Narodowy "Bory Tucholskie" i 25 rezerwatów przyrody, jako najcenniejsze przyrodniczo obiekty Borów Tucholskich,

• buforową tworzoną przez: Tucholski Park Krajobrazowy, Wdecki Park Krajobrazowy, Wdzydzki Park Krajobrazowy i Zaborski Park Krajobrazowy, jako obszary o wysokich funkcjach ochronnych,

• tranzytową, na którą składają się pozostałe tereny 22 gmin działających w granicach rezerwatu biosfery.Na terenie Rezerwatu Biosfery Bory Tucholskie funkcjonuje dziewięć nadleśnictw z Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Toruniu: Nadleśnictwo Czersk, Nadleśnictwo Dąbrowa, Nadleśnictwo Osie, Nadleśnictwo Przymuszewo, Nadleśnictwo Rytel, Nadleśnictwo Trzebciny, Nadleśnictwo Tuchola, Nadleśnictwo Woziwoda i Nadleśnictwo Zamrzenica. W codziennej działalności realizują one model leśnictwa, którego fundamentem jest zrównoważony rozwój. Oznacza to, że człowiek korzysta racjonalnie z zasobów leśnych, w sposób gwarantujący ich odtwarzanie, ochronę, dalsze powiększanie i przekazanie przyszłym pokoleniom w stanie nie gorszym niż obecny.

Rezerwaty biosfery pełnią trzy zasadnicze funkcje:

• ochronną w odniesieniu do krajobrazów, ekosystemów, zróżnicowania gatunkowego i genetycznego przyrody,

• rozwojową w odniesieniu do mieszkańców obszaru, poprzez sprzyjanie różnym formom aktywności i rozwoju gospodarczego, kulturowego i społecznego,

• edukacyjną w odniesieniu do społeczeństwa, poprzez prowadzone badania, monitoring i edukację w zakresie lokalnych, regionalnych, narodowych i globalnych zagadnień, związanych z ochroną i zrównoważonym rozwojem.